處理系統與一般設備操作不同，當系統剛剛建立或經長時間停用后需重新投入運行時，必須經過系動啟動工作方能投入正常運行，本章節就系統啟動等需注意有關事項進行描述，以指導操作人員正確使用本系統裝置。
系統啟動前之檢查 操作人員于系統啟動之前應檢查下列各項：各項設備是否均潤滑完畢。 檢查各管道及閥門是否連接完善。 確認電力及自來水系統，并將 MCC 盤上所有之開關置于接通位置。 檢查藥槽中之化學藥劑。 檢查 PLC 之程式時間設定。 再次參考單機試車之報告。
污泥培養 啟動生物處理系統首要步驟是培養數量足夠的細菌族群(污泥)并加以馴化，以便能夠有效處理廢水，當污泥尚未適應廢水性質且數量不足以分解廢水中有機污染物之前，處理出水往往不能達到設計排放標準。因此盡可能在短時間內使得污泥數量達到設計要求就成為啟動生物處理系統首要步驟。雖然在污水中適當的細菌族群可以自然生長且增加數量，但通常需要一段相當長的時間，因此根據實際情況，或通過進入污水直接培養，或直接從其它“接種”污泥至新建系統為有效縮短污泥培養時間的很好的方法。在試運行階段，進入處理裝置的污水，水量和水質均無法達到設計要求，因此，在這段時間內，應足以培養系統中的生物膜量。 在污泥接種階段，系統控制應均設置在“手動”檔，所有設備，除曝氣系統外均應關閉，防止污泥泄排，影響系統的生物量。
以下列舉兩種接種方式的操作步驟：
自然接種啟動 ：即通過原有污水自帶有機物及菌種，通過正常處理，逐步自發產生生物菌群，即污泥培養過程。隨著越來越多的生活污水進入，生物處理系統中的 MLSS 將逐步增加，當污泥量積累增長至一定量時，即完成污泥培養過程。此時，生物系統可接納符合設計要求的進水，并達到設計處理要求。一旦在污泥培養過程中，出現不正常情況，操作人員必須采取必要的應變措施，詳見應急措施章節，但在動作前應設法找出原因，并通知我公司提供技術協助。
人工接種 ：當設備由于其它原因，無法承受長時間培養足夠污泥，此時需采用人工接種掛膜方式，通常作法是將其它廠的濃縮污泥通過環衛槽車直接植入此污水處理裝置并采用激活。激活方式可采用封閉式曝氣，即設備不接納污水，也不排放污水。當生物掛膜基本完成后，可采用分批少量進水并逐步增大進水量的方式完成污泥馴化過程，直至進入污水量達到設計要求時為止。
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